Dopo la caduta della Repubblica di Venezia, a partire dal 1797, in un quadro geopolitico profondamente mutato, si sviluppa progressivamente un grandioso sistema difensivo della città, sempre più esteso al territorio circostante.
Le fasi di costruzione delle fortificazioni corrispondono ai diversi domini che si succedono nel tempo: dal dominio francese (1805), a quello austriaco (1849-1866), fino al 1866, quando Venezia entra a far parte del Regno d’Italia. Lo Stato unitario italiano conferma il ruolo strategico di Forte Marghera, aggiornandone le difese e integrandolo nel nuovo Campo Trincerato di Mestre (1883-1911).
L’Esercito Italiano ha lasciato il forte nel 1995 e, dal 2010, il complesso è passato dal Demanio pubblico al Comune di Venezia.
Il forte si trova in un contesto urbano e ambientale molto diversificato: a sud è delimitato dalla laguna, a est dall’area industriale di Porto Marghera, a nord e nord-est dalla nuova zona direzionale e alberghiera, a ovest dalla zona residenziale e dal grande Parco di San Giuliano, che termina sulla laguna.
Storicamente, Forte Marghera ha rappresentato il nodo di collegamento tra la terraferma e Venezia, e questo suo ruolo è rimasto sostanzialmente invariato nel tempo.
La valorizzazione del Forte è stata avviata nel 2014 grazie a un accordo tra il Ministero della Cultura e il Comune di Venezia. Nel 2015 è stata istituita la Fondazione Forte Marghera per la gestione del sito e per lo studio e la valorizzazione del patrimonio culturale e naturale delle fortificazioni.
Il Forte ospita oggi il Centro studi per la valorizzazione delle architetture militari e dei sistemi difensivi.